W 1957 r. przedstawiciele lubelskich uczelni wyszli z inicjatywą utworzenia Lubelskiego Towarzystwa Naukowego. W roku następnym w czerwcu, zatwierdzony został Statut Towarzystwa i jeszcze w tym samym miesiącu odbyło się zebranie założycielskie. Uczestniczyli w nim profesorowie Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, Akademii Medycznej i Wyższej Szkoły Rolniczej, którzy wyłonili Tymczasowy Zarząd z Laurą Kaufman jako prezesem. 19 stycznia 1959 roku odbyło się pierwsze Walne Zebranie LTN, na którym dokonano wyboru władz Towarzystwa. Prezesem została prof. Laura Kaufman, wiceprezesami profesorowie Leon Halban i Grzegorz Leopold Seidler, sekretarzem generalnym - prof. Tadeusz Krwawicz, a zastępcą sekretarza - prof. Stanisław Liebhart. Powołano również do życia pierwsze trzy Wydziały: Humanistyczny, Biologiczny oraz Matematyczno-Fizyczno-Chemiczny (od 1964 r. Matematyczno-Fizyczno-Chemiczny i Nauk o Ziemi). W 1973 roku utworzono IV Wydział Nauk Technicznych, a w 1978 roku V Wydział o Ziemi i Nauk Górniczych.
W 1965 r. na stanowisku prezesa LTN Laurę Kaufman zastąpił prof. Tadeusz Krwawicz. To za jego kadencji miało miejsce wydarzenie fundamentalne dla istnienia i rozwoju LTN, a mianowicie uzyskanie własnej siedziby. Decyzją z dnia 26 stycznia 1973 r. Wydział Spraw Lokalowych Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Lublinie przekazał Lubelskiemu Towarzystwu Naukowemu, wymagający generalnego remontu, budynek przy Placu Litewskim 2. W styczniu 1977 roku nastąpiło uroczyste otwarcie odrestaurowanego budynku, któremu przywrócono dawna nazwę Pałac Czartoryskich.Po śmierci prof. Tadeusza Krwawicza w 1987 r. prezesm Towarzystwa został prof. Tadeusz Baszyński, wiceprezesami prof. Ryszard Bender i prof. Adam Szember, sekretarzem generalnym prof. Jan Malarczyk, a jego zastępcą prof. Jan Gliński. Kolejne Walne Zgromadzenie w 1991 r. prezesem Towarzystwa wybrało prof. Edmunda K. Prosta, który pełnił tę funkcję do 2008 r. Po jego śmierci w lutym 2008 r. na funkcję prezesa powołano prof. Artura Korobowicza . Od 1991 r., przy wsparciu finansowym KBN, wydawany jest Biuletyn Informacyjny Lubelskiego Towarzystwa Naukowego, w którym zawarte są najważniejsze informacje dotyczące działalności LTN. Od lat dziewięćdziesiątych coraz większego znaczenia nabierają konferencje i sympozja naukowe organizowane w ramach działalności statutowej.
W latach 1965 – 1994 Walne Zgromadzenie nadało godność członka honorowego 49 osobom, które mają szczególne zasługi na polu nauki lub jej organizacji. Aby w sposób szczególny uhonorować członków odgrywających istotną rolę w życiu i rozwoju Towarzystwa Zarząd Towarzystwa ustanowił w 1994 r. nowe odznaczenia honorowe - Zasłużony dla Lubelskiego Towarzystwa Naukowego (Pro Societate Scientiarum Lublinesi et Litterarum Merito) - a od 2005 r. Zasłużony dla Lubelskiego Środowiska Naukowego. Do chwili obecnej 50 osób zostało uhonorowanych tym odznaczeniem. Zarząd Główny Towarzystwa przyznaje również specjalny dyplom Resolutio pro Laude, jako wyraz szczególnego uznania dla wybitnych osobistości. Dotychczas uhonorowano tym dyplomem 8 osób. Od 2001 roku w oparciu o Uchwałę Walnego Zgromadzenia oraz Kolegium Rektorów Uczelni Lubelskich corocznie na Spotkaniu Noworocznym przyznawana jest Lubelska Doroczna Nagroda Naukowa (Premium Scientiarum Lublinense) za najlepszą pracę badawczą lub publikację książki cechującą się oryginalnością treści i formy opublikowaną w ciągu ostatniego roku akademickiego przez pracowników wszystkich kierunków Lubelskiego Ośrodka Naukowego.
Lubelskie Towarzystwo Naukowe prowadzi wydawnictwo naukowe. Do tej pory wydaliśmy już ponad 50 tytułów, pierwszą książkę wydaliśmy w roku 1998. Wydawany jest Biuletyn Informacyjny Lubelskiego Towarzystwa Nukowego, organizowane są również konferencje naukowe we wszystkich Wydziałach Towarzystwa, w 2018 roku odbyły się:
1. Wykład Wydziału IV Nauk Technicznych LTN, pt. Termoemisyjne generatory energii elektrycznej w zastosowaniach praktycznych.
2. X Międzynarodowa Konferencja nt. Klimat pola uprawnego – Innowacje na rzecz adaptacji wobec zmian klimatu, poświęcona pamięci prof. dr. hab. Tadeusza Górskiego, organizowana przez Komisję Agrometeorologii i Klimatologii Stosowanej Oddziału PAN w Lublinie, Wydział V Nauk o Ziemi i Nauk Górniczych LTN, Lwowski Narodowy Uniwersytet Rolniczy w Dublanach, Instytut Agrofizyki PAN im. B. Dobrzańskiego w Lublinie, Państwowy Uniwersytet Techniczno-Rolniczy w Kamieńcu Podolskim, Zakład Meteorologii i Klimatologii UMCS, Uniwersytet Przyrodniczy – Wydział Agrobioinżynierii w Lublinie, Przedstawicielstwo PAN w Kijowie oraz Państwową Wyższą Szkołę Zawodową im. Sz. Szymonowica w Zamościu.
3. Wykłady plenarne, wygłoszone w ramach IV Konferencji Naukowej ENZYMOS organizowane przez Wydział II Nauk Biologicznych, Polskie Towarzystwo Genetyczne Oddział Lubelski, Polskie Towarzystwo Mikrobiologów Oddział Lubelski, Komisję Biotechnologii Oddział PAN w Lublinie, Polskie Towarzystwo Biochemiczne Oddział Lubelski, Polskie Towarzystwo Wirusologiczne Oddział Lubelski, Polskie Towarzystwo Botaniczne Oddział Lubelski, Polskie Towarzystwo Mykologiczne, Zakład Biologii Molekularnej UMCS w Lublinie; referaty pt:
1. Czy możemy projektować nowoczesne, wydajne i zrównoważone technologie bez procesów katalizowanych enzymami?
2. Ekstrakcja nadkrytyczna – stan i trendy rozwojowe
3. Transkryptomika i proteomika w badaniach nad enzymami – możliwości i wyzwania
4. Sesja naukowa Wydziału II Nauk Biologicznych LTN, Polskiego Towarzystwa Fitopatologicznego Oddział w Lublinie pt: Współczesne problemy
ochrony roślin, poświęcona pamięci Profesora Antoniego Filipowicza; referaty:
1. Ocalić od zapomnienia - wspomnienie o Profesorze Antonim Filipowiczu.
2. Wybrane patogeny zbóż i ich właściwości toksynotwórcze.
3. Patogeny roślin ogrodniczych i zielarskich w świetle aktualnych badań Zakładu Fitopatologii i Mykologii UP w Lublinie.
4. Aktualne kierunki badań w Zakładzie Entomologii UP w Lublinie.
5. Sesja naukowa Wydziału III Nauk Mat.-Fiz.-Chem.; wykład pt: Nadprzewodnictwo w materiałach konwencjonalnych i topologicznych.
6. Posiedzenie Wydziału IV Nauk Technicznych pt: Rola i znaczenie metod doświadczalnych w kreowaniu innowacyjnych rozwiązań.
7. Wszechnica – wykłady otwarte organizowane przez Lubelskie Towarzystwo Naukowe, Uniwersytet Medyczny i Oddział Polskiej Akademii Nauk, pt: Medycyna i muzyka.
8. Posiedzenie naukowe organizowane przez Wydział II Nauk Biologicznych, referaty pt: 1. Analiza tranzakcyjna, 2. Osobowość narcystyczna.
9. Sesja naukowa Wydziału III Nauk Mat.-Fiz.-Chem.; wykład pt: Od miceli do bakterii: różne obiekty – podobne właściwości.
10. Konferencja organizowana przez Wojewódzki Ośrodek Kultury w Lublinie, Wojewódzką Radę Towarzystw Regionalnych w Lublinie, Gminę Żółkiewka, Ośrodek Kultury Samorządowej w Żółkiewce, Lubelskie Towarzystwo Naukowe, Regionalne Towarzystwo Przyjaciół Żółkiewki, pod patronatem honorowym dyrektora Muzeum Wojska Polskiego, pt: Pod hetmańską buławą.
11. Sesja naukowa Wydziału III Nauk Mat.-Fiz.-Chem.; wykład pt: Instrumentalne metody identyfikacji bursztynu.
12. Konferencja naukowa Wydziału I Nauk Humanistycznych, Komisji Psychologicznej, pt: Psychologiczne i kulturowe determinanty zachowań ryzykownych.
13. Spotkanie naukowe Wydziału IV Nauk Technicznych LTN.
14. Spotkanie naukowe organizowane przez Wydział II Nauk Biologicznych LTN, Polskie Towarzystwo Mikrobiologów Oddział Lubelski, Polskie Towarzystwo Genetyczne Oddział Lubelski, Komisję Biotechnologii Oddział PAN w Lublinie, Polskie Towarzystwo Biochemiczne Oddział Lubelski, Polskie Towarzystwo Wirusologiczne, Polskie Towarzystwo Mykologiczne, Zakład Genetyki i Mikrobiologii UMCS w Lublinie, referat pt: Afrykański pomór świń – problemy i zagrożenia.
15. Wykład organizowany przez Wydział I Nauk Humanistycznych Komisję Psychologiczną, pt: Neuro-i psychokrajobraz. Powidoki, wielogłosy.
16. Sesja naukowa Wydziału III Nauk Mat.-Fiz.-Chem.; wykład pt: Maszyny inteligentne: nie-biologiczna ewolucja inteligencji.